Spisovatelem se ale toužil stát již od dětství. Svůj sen si splnil dvaceti povídkami, ze kterých se posléze vyklubal již zmiňovaný Hraničářův učeň. Ačkoliv původní dílo bylo věnováno naději, že jeho syn objeví skryté krásy čtení a uvědomí si, že hrdinové nemusí být vždy urostlí a svalnatí, u jedné knihy rozhodně nezůstalo.
Jeho dvanáctidílná série Hraničářův učeň byla prodána do 18 zemí a nastavena na chystaný celovečerní film. Navázal na ni i prolog Hraničářův učeň – První roky momentálně sestávající ze dvou dílů. Série, která s námi existuje už přes deset let, (nejen) teenagerům opakovaně dokazuje, že luk a šípy dokážou mnohdy nadělat větší škody, než dvousečný meč a že být slabý nutně neznamená být bezmocný.
Jako volný doplněk k Hraničářovu učni vystupuje v současné době šestidílná série Bratrstvo. Její děj se odehrává v drsné Skandii, zemi námořníků a mocných bojovníků. Šestnáctiletý Hal zde nedobrovolně vede bratrstvo vyděděnců, a byť se zdá jako outsider, má všechny předpoklady pro to, aby je dovedl k vítězství. Jeho cesta však ani náhodou nebude jednoduchá.
John Flanagan žije se svou manželkou v Sydney a je otcem dvou dospělých dcer a jednoho syna.
